เมื่อ 20 ปี ที่ผ่านมา กาแฟและเครื่องดื่มที่มีคาเฟอีนถูกโจมตีว่า ทำให้เกิดโรคหัวใจ ความดันโลหิต เป็นหมัน ทำให้ผู้หญิงตั้งครรภ์แท้งได้ หรือทารกน้ำหนักน้อย เพิ่มความเสี่ยงมะเร็งรังไข่ ซีสต์ในเต้านม และกระดูกพรุน แต่ข้อมูลการวิจัยในปัจจุบันเปิดเผยว่าการดื่มกาแฟเพียงวันละ 1-2 ถ้วยนั้นปลอดภัย และอาจให้ผลดี ถ้าดื่มให้เป็น
รายงานผลการวิจัยจากฟินแลนด์และมหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ดระบุว่า คนที่ดื่มกาแฟมีความเสี่ยงการเกิดเบาหวานประเภท 2 น้อยกว่าคนที่ไม่ดื่ม ความเสี่ยงที่ลดลงเป็นสัดส่วนกับปริมาณกาแฟที่ดื่ม และกาแฟไร้คาเฟอีนให้ผลน้อยกว่า ส่วนชาไร้คาเฟอีนและเครื่องดื่มอื่นๆ ที่มีคาเฟอีนไม่ให้ผลเหมือนกาแฟ แต่นักวิจัยก็เตือนว่าอย่าเพิ่งมั่นใจจนหันไปโหมกาแฟ เพราะนักวิจัยยังต้องติดตามการวิจัยอีกมาก
นอกจากนี้กาแฟยังยังช่วยลดความเสี่ยงการเกิดนิ่วในถุงน้ำดี มะเร็งลำไส้ใหญ่ โรคพาร์คินสัน ลดอันตรายจากตับในผู้ที่มีความเสี่ยงโรคตับ ลดอาการหอบในผู้ที่มีโรคหอบหืด เพิ่มความจำ และสำหรับนักกีฬาเพิ่มความทน และความอึดในกีฬาที่ต้องใช้เวลานาน
สำหรับผู้ที่ดื่มกาแฟเพราะต้องการแก้ง่วง นักวิจัยแนะนำให้ดื่มปริมาณน้อยๆ แต่กระจายการดื่มออกไปตลอดวัน เช่น แทนที่จะดื่มถ้วยใหญ่ 16 ออนซ์ (500 มล.) ในตอนเช้า ให้ดื่มเพียงครั้งละ 2-3 ออนซ์ (60-90 มล) แต่บ่อยขึ้น กาแฟจะเริ่มออกฤทธิ์ใน 15 นาที และจะอยู่ในร่างกายนานหลายชั่วโมง และต้องใช้เวลาถึง 6 ชั่วโมงกว่า ที่จะถูกขจัดออกจากร่างกาย
คาเฟอีนจะช่วยให้ร่างกายของผู้ที่ออกกำลังกายดึงเอาไขมันที่สะสมไว้มาใช้ได้มากขึ้นกว่าปกติ
